ANALISIS KEKERABATAN KATAK Hylarana sp. PULAU BANGKA DENGAN PENANDA GEN 16S rRNA MITOKONDRIA

Siwi Saputri, Wahyu Prihatini, Sri Wiedarti

Abstract


Katak Hylarana chalconota merupakan suatu cryptic species yang memiliki keragaman morfologi tinggi, populasi melimpah, dan tersebar luas di Indonesia. Berdasarkan studi terdahulu dengan pendekatan molekuler, diketahui bahwa spesies ini terdiri atas setidaknya tujuh spesies berbeda. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan spesies spesimen katak Hylarana sp. dari Pulau Bangka, dan hubungan kekerabatannya dengan cryptic species H. chalconota, menggunakan penanda gen 16S rRNA mitokondria. Pengambilan sampel di lapangan menggunakan metode Visual Encounter Survey, adapun analisis molekuler dilakukan melalui tahap-tahap ekstraksi DNA otot paha, amplifikasi gen target dengan PCR, sekuensing gen target, dan analisis filogenetik dengan metode Neighbour Joining. Hasil penelitian menunjukkan gen target berhasil teramplifikasi, dan spesimen katak Hylarana sp. dari Pulau Bangka dipastikan adalah Hylarana chalconota, yang berkerabat dekat dengan H. chalconota Jawa.

Full Text:

PDF

References


Bultin, R.K., J.R. Bridle., D. Schluter. 2009. Speciation and Patterns of Diversity. Chapter 1. Cambridge University Press. New York. 1-10.

Hadiprata, N.L.M.I.Y.S., I.M.B.A.P.A. Putra., I.G.N.K. Mahardika., I.N. Wandita., T.S. Nindhia. 2015. Identifikasi Spesies Ikan Kerapu di Pasar Ikan Karangasem dan Kedonganan Bali Menggunakan DNA Mitokondria Gen 16s rRNA. Jurnal Veteriner 16(3): 423-431.

Inger, R.F., B.L. Stuart., D.T. Iskandar. 2009. Systematics of A Widespread Southeast Asian Frog, Rana chalconota (Amphibia: Anura: Ranidae). Zoological Journal of the Linnean Society 155: 123–147.

Irmawati.2003. Perubahan Keragaman Genetik Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis) Generasi Pertama Pada Stok Hatchery. Tesis. Institut Pertanian Bogor. 34-37.

Iskandar, D.T. 1998. Amfibi Jawa dan Bali. Puslitbang Biology LIPI. 66-67.

Kampen, V.P.N. 1923. The Amfibi of The Indo-Australian Archipelago. University of Leiden. Leiden. 217-219.

Kusrini, M.D., 2008. Pedoman dan Survei Amfibi di Alam.Institut Pertanian Bogor. 73-74. Laporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintahan Bangka Belitung. 2013. http://www.babelprov.go.id/sites/default/files/dokumen/bank_data/05.%20BAB-01-Pendahuluan.doc.Diakses pada tanggal 12 Desember 2016 pukul 12:39 WIB.

Marwayana, O.N. 2015. Ekstraksi Asam Deoksiribonukleat (DNA) dari Sampel Jaringan Otot. Jurnal Oseana 11(2): 1-9.

Mazuni. D.A. Adi., S. Syarif. 2014. Karakterisasi Fragmen Gen 18S rRNA Pokea (Batissa violacea celebensis Martens, 1897) di Sungai Pohara Kecamatan Sampara Kabupaten Konawe. Biowallacea 1(1):25-38.

Natioanal Center for Biotechnology Information.2017.https://blast.ncbi.nlm.nih.gov./Blast.cgi. Diakses pada tanggal 12 Mei 2017 pk 14.50 WIB.

Richard, C. A. A. 2013. Evolution of Breeding Mode in Bornean Frogs. Thesis. Department of Zoology Faculty of Resource Science and Technology, University Malaysia Sarawak.5-7.

Rinanda, T. 2011. Analisis Sekuensing 16S rRNA di Bidang Mikrobiologi. Jurnal Kedokteran Syiah Kuala 11 (3): 172-177.

Sianturi, S., 2015. Hubungan Filogenetik Hylarana mocquardii (Anura) di Sulawesi Berdasarkan Pengukuran Morfologi dan Molekuler Gen 12S rRNA dan 16S rRNA. Tesis. Institut Pertanian Bogor. 8-9.

Stuart, B. L., R. F. Inger., H. K. Voris. 2006. High Levels of Cryptic Species Diversity Revealed by Sympatric Lineages of Southeast Asian Forest Frogs. Biology Letters London 2: 470–474.

Sulandari, S., M. S. A. Zein. 2003. Panduan Praktis Laboratorium DNA. Bidang Zoologi, Pusat Penelitian Biologi LIPI. 43-97.

Tjandra, L. 2011. Analisis Filogenetik Bufo melanostictus, Schneider, 1799 dan Bufo asper, Gravenhorst, 1829 (Bufonidae) Sumatera Barat dan Kawasan Asia dengan Gen 16S rRNA dan Sitokrom b. Tesis. UNAND. Padang. 2-16.

Tjong, D.H., D.T. Iskandar., D. Gusman. 2010. Hubungan Filogenetik Spesies Limnonectes (Ranidae: Amphibia) Asal Sumatera Barat dan Asal Asia Tenggara Berdasarkan Gen 16S ribosomal RNA. Makara Sains 14(1): 79-87.

Toha, A. H. A. 2014. Biota Kriptik Raja Ampat. Buletin Konservasi Biodiversitas Raja Ampat 7(3): 6.

Triana, S.H. 2010. Analisis Fragmen DNA Ikan Kerapu Macan (Epinephelus fuscoguttatus) yang Tahan dan Rentan Terhadap Bakteri Vibrio alginolyticus. Jurnal Ilmu Dasar 11(1):8-16.


Refbacks

  • There are currently no refbacks.